Juana nace, el 24 de junio de 1535, en Madrid. Sus padres fueron Carlos I e Isabel de Portugal y Aragón. Sus abuelos por parte paterna era Felipe I y Juana I y por parte de madre el rey de Portugal Manuel I de Portugal y María de Aragón y Castilla. Se le llamó Juana por dos motivos, en primer lugar, por el día de su nacimiento y en segundo lugar, en honor de su abuela paterna Juana de Castilla.
Juana de Austria fue el quinto hijo de los seis que tuvieron Carlos I e Isabel de Portugal. Su nacimiento se produjo cuando el emperador Carlos se encontraba peleando por sus posesiones en África.
A consecuencia del nacimiento de su sexto hijo, Juan, la reina Isabel falleció en el parto. De los seis hijos de dicho matrimonio, sólo quedó su hermano mayor, el que sería Felipe II, su hermana María y la propia Juana. Esta situación familiar hizo, que la unión entre los tres hermanos, María, Juana y Felipe fuera muy intensa. El propio Emperador consultaba muchas de sus decisiones de Estado con su hermana Juana.
Juana se queda huérfana de madre con la edad de cuatro años, por lo que se le encarga a Leonor de Mascareñas de su educación. A la edad de ocho años, Juana ya entendía y hablaba el latín, así como tocaba diversos instrumentos musicales.
Juana se casa a la edad de dieciséis años con su primo hermano, el príncipe heredero de Portugal, Juan Manuel de Portugal, que sólo tenía entonces quince años. La ceremonia se celebró en la ciudad zamorana de Toro, el 11 de enero de 1552, y se realizó por poderes...

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