La teoría de sistemas evolutivos sobre la que se basa el HMM propone que el cerebro es un sistema adaptativo complejo que ha surgido de la influencia de la selección que actúa sobre la dinámica de los genotipos humanos en diferentes escalas de tiempo.
Las regiones primitivas y altamente especializadas que ocupan las capas más bajas de la jerarquía cortica han surgido de la influencia de la selección natural a lo largo del tiempo evolutivo; las influencias epigenéticas y la evolución cultural dan forma a la dinámica neuronal durante generaciones; las diferencias individuales en la forma y función neuronales surgen a lo largo del desarrollo; y diferentes patrones de cognición y comportamiento surgen de mecanismos neuronales que responden con flexibilidad a diferentes contextos. 
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