La prolongación de las obras durante dos siglos se aprecia perfectamente en el templo, donde se mezclan los diferentes estilos constructivos, desde el gótico final, imperante cuando se levantó el nuevo templo, hasta el barroco.
Al primer período pertenecen las tres naves en que se divide el templo, separadas por arcos apuntados del gótico tardío, sobre pilares recubiertos con baquetones y capiteles corridos con decoración de cardina.
A esto hay que añadir la parte del crucero y la cabecera, donde se muestra un estilo manierista, más grandilocuente con respecto al cuerpo de la iglesia, que recuerda a la catedral de Málaga.
Realmente, son dos iglesias unidas, una formada por un cuerpo de tres naves de distinta altura y la otra de planta de salón con naves a igual altura, pero más elevada con respecto a la primera.
La iglesia tiene cuatro portadas laterales, dos que dan entrada por la parte antigua o gótica, en el lateral izquierdo, y otras abiertas en las hornacinas en la parte más moderna renacentista, en el lateral derecho.
Posee una torre muy singular, ya que es un auténtico compendio de influencias diversas: musulmanas, mudéjares, góticas y clásicas del XVI y el XVIII, lo que no le impide curiosamente en todo su conjunto una coherencia claramente mudéjar, integrándose cada estilo con gran sentido.
Muy interesante, desde el punto de vista arquitectónico, es la capillita que se encuentra adosada al lado izquierdo de la torre de la Iglesia Mayor, cuya cubierta es un riquísimo artesonado mudéjar octogonal.
En la fachada frontal de la iglesia, vemos también unas galerías o balconadas superpuestas, que servían para presenciar desde ellas las justas, espectáculos y corridas de toros que se celebraban en esta antigua plaza Mayor, que ocultó la entrada principal de la iglesia construida en el siglo XVII.

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