La endometriosis intestinal es una enfermedad en la cual en el endometrio, que es el tejido que reviste internamente el útero, se desarrollan glándulas y/o estroma alrededor de las paredes del intestino, dificultando su funcionamiento y causando síntomas como alteración de los hábitos intestinales, además del intenso dolor abdominal, especialmente durante la menstruación.
Cuando se encuentran células del endometrio en la parte externa del intestino, recibe el nombre de endometriosis intestinal superficial, pero cuando estas penetran la pared del intestino y alcanzan la parte interna, se le conoce como endometriosis intestinal profunda.

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