Banega pasó por las divisiones inferiores de Newell's,​ hasta que quien era su mentor, el exjugador y entrenador de juveniles Jorge Griffa, pasó a desempeñarse como Director General del Departamento de Fútbol Amateur de Boca Juniors, llevándose a esa institución al joven jugador.​ En Boca Juniors, va a desempeñarse en la posición de mediocentro defensivo, comenzando a entrenarse con el primer equipo dirigido por Alfio Basile a mediados de 2006 y formando parte del plantel que viajó a Israel para jugar un amistoso contra Maccabi Tel Aviv FC,​ donde se produjo su debut.

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